Самой старой постройкой сохранившегося архитектурного комплекса Соборной горы является церковь Иоанна Предтечи. Строительство этого храма было начато в 1699-м и окончено в 1703-м году

Исторически комплекс Соборной горы начинается не с собора, а с полузаброшенной смотровой площадки в восточной части. Здесь когда-то находился княжеский терем, построенный в середине XII столетия предположительно князем Ростиславом. Две части полутораметровых смежных стен его подклета были раскопаны в 1965 году. Сначала терем пострадал в ходе взятия Смоленска польскими войсками в начале XVII века, а окончательно был разобран при строительстве Успенского собора.

Самой же старой постройкой сохранившегося архитектурного комплекса Соборной горы является церковь Иоанна Предтечи. Строительство этого храма было начато в 1699-м и окончено в 1703-м году. Этот памятник примечателен еще и тем, что в его трапезной сохранилась единственная в городе печь с расписными изразцами, выложенная одновременно со строительством здания. Из убранства церкви сохранились в алтаре лепные обрамления фресковой живописи. Вплоть до 1740-х годов и после, во время перестройки Успенского собора в этом храме велись архиерейские богослужения.

В подклете церкви в XVIII веке находилась архиерейская тюрьма. Она состояла из двух «молчальных келий», в которые когда-то заключали лиц, совершивших преступления против Церкви. Возможно, именно в этой тюрьме в 1740-х годах находился один из смоленских губернаторов Алексей Баскаков, обвиненный высшим духовенством в покровительстве раскольникам.

Храм был закрыт для богослужений в 1930 году. В нем расположилась одна из экспозиций антирелигиозного музея, созданного годом ранее в Молоховской башне Смоленской крепостной стены, а позднее переведенного в Богоявленский собор. В подклете церкви Иоанна Предтечи разместили тюремное «оборудование» многолетней давности. Например, «кобылу» — скамейку со стесанной на острие верхней доской, на которую сажали человека, привязав к ногам железные гири. Или «лисицу» — массивную березовую колоду с железной цепью и браслетом, который вешался колоднику на шею.

В послевоенное время в храме разместился отдел природы и фонды музея-заповедника. Верующим церковь была возвращена 1996 году, а спустя три года в ней начались богослужения. В подклети же храма, где когда-то томились узники, ныне располагается учебный класс духовной семинарии.

Вплотную к церкви Иоанна Предтечи примыкает двухэтажное здание, возведенное в 1780-х годах в стиле барокко. Его называют старой консисторией — местом, где сосредотачивалось управление Смоленской епархией. На первом этаже первоначально размещались ризница и казначейство, на втором — собственно консистория, учреждение по управлению епархией.